Budova Ústavu lékařské chemie byla otevřena na podzim 1873. Po rozdělení univerzity, které následovalo v letech 1882 - 1883, připadla až do roku 1945 německé lékařské fakultě. V tomto období zde působila řada významných postav tehdejší vědy. Jmenujme například profesora a děkana přírodovědecké fakulty Hanse Meyera (1871-1942). Ačkoliv nebyl kmenovým pracovníkem LF, jeho přednášky navštěvovalo velké množství mediků. Jeho význam daleko přesahoval evropský kontext, jeho trojdílná Lehrbuch der organisch-chemischen Methodik vycházela opakovaně a používala se po celém světě (fr. a angl. překlady). Ještě v době 2. sv. války vyšla v USA. Zabýval se chemickými strukturami přírodních látek, vytvářením jejich derivátů. Publikoval metodu určování alkylů na dusíku (Herzig-Meyerova metoda se užívala do konce 50. let), věnoval se fyzikálně chemickým vlastnostem organických molekul a reakcemi v organické chemii. Jeho kurz experimentální chemie navštěvovalo v jednom běhu mezi 420-630 posluchači. Další osobností je Franz Hofmeister jr. (1850-1922), profesor lékařské chemie a farmakologie. Na podzim 1896 se stal profesorem fyziologické chemie LF ve Štrasburku a v roce 1909 se stal profesorem farmakologie LF Würzburg. Byl to významný fyziologický chemik a první experimentální farmakolog v rakouské monarchii. Zabýval se zvláště chemií koloidů. Jeho pamětní desku najdeme na budově U Nemocnice 4, neboť působil v obou budovách. Další osobností po Hofmeisterovi byl Karl Hugo Huppert (1831-1904). Habilitoval se na LF v Lipsku, stal se mimořádným profesorem tamtéž a od roku 1872 byl řádným profesorem užité lékařské chemie v Praze. Huppert se spolupodílel na vybudování ústavu lékařské chemie v jeho nynějším umístění U Nemocnice 5. Jeho kniha Anleitung zur qualitativen und quantitativen Analyse des Harns (Wiesbaden 1881) se dočkala jedenácti vydání. Byl jmenován dvorním radou a od roku 1900 řádným členem společnosti pro pěstování německé vědy, umění a literatury. Huppert byl též děkanem pražské německé LF a rektorem pražské německé univerzity. Po Huppertovi se přednostou stal Richard rytíř von Zeynek (1869-1945). Byl rovněž děkanem LF a rektorem německé univerzity.
Pozoruhodných vědeckých úspěchů dosáhli ve svých profesních kariérách také někteří studenti Ústavu. Patří k nim především nositelé Nobelovy ceny, pražští rodáci a absolventi pražské německé lékařské fakulty, manželé Carl Ferdinand Cori (1896 – 1986) a Gerta Theresa Cori, roz. Radnitz (1896 – 1957), kteří v roce 1947 obdrželi Nobelovu cenu za objasnění způsobu, jakým v lidském těle dochází k využití laktátu vznikajícího odbouráváním zásobního polysacharidu glykogenu ve svalových buňkách. Jméno manželů Coriových nese i hlavní posluchárna ústavu. Dalším je Hans Hugo Bruno Selye (1907 – 1982), vídeňský rodák a absolvent pražské německé fakulty, autor teorie adaptačního syndromu a stresové reakce, který jako první popsal hypothalamo-hypofyzární řízení produkce kortikosteroidů v nadledvině.
 Carl Ferdinand & Gerta Theresa Coriovi |
 Hans Hugo Bruno Selye |
V roce 1945 z Ústavu lékařské chemie německé lékařské fakulty vznikl II. ústav pro chemii lékařskou, který byl v roce 1972 přejmenován na II. ústav lékařské chemie a biochemie. Mezi nejvýznamnější osobnosti tohoto období patřili Antonín Hamsík (1878 – 1963), jež se zabýval studiem hemoglobinu a jeho derivátů, Antonín Felix Richter (1896 – 1979), který publikoval řadu prací v oblasti dusíkatých látek melaninů, a Jan Šula (1904 – 1994), který položil základ moderní české experimentální onkologie svými pracemi o chemických kancerogenech.
Posledních více než 40 let se ústav výrazně profiluje k experimentální onkologii. Tuto oblast výzkumu na ústavu výrazně rozvinul Jiří Duchoň (1927 - 2009). Jeho práce v oblasti biochemického výzkumu melanomu a melanogeneze patřily koncem šedesátých let, v sedmdesátých a osmdesátých letech minulého století přinejmenším k evropské špičce a ústav pořádal významné mezinárodní konference zaměřené na studovanou problematiku. Tento výzkumný trend vedl v roce 2002 ke změně názvu pracoviště na Ústav biochemie a experimentální onkologie. Na přelomu milénia ústav prošel rozsáhlou rekonstrukcí jak stavební, tak i v oblasti inovace přístrojového vybavení. V současné době jsou na ústavu na molekulární úrovni studovány procesy, které se podílejí na vzniku a rozvoji zhoubných nádorů.
K historii ústavu jistě patří i skutečnost, že během sametové revoluce v roce 1989 sloužily prostory ústavu studentskému stávkovému výboru, stejně tak jako i ostatním občanským aktivitám tohoto období.
Připomínka významných událostí na ústavu
Přednostové ústavu od roku 1945:
- Akademik prof. MUDr. Antonín Hamsík, DrSc. v letech 1945 – 1948 ·
- Prof. MUDr. Antonín Felix Richter, DrSc. v letech 1948 – 1959 ·
- Prof. MUDr. et MVDr. Jan Šula, DrSc. v letech 1959 – 1970 ·
- Prof. MUDr. Jiří Duchoň, DrSc. v letech 1970 – 1995
- Doc. MUDr. Bohuslav Matouš, CSc. v letech 1995 – 2007
- Prof. MUDr. Aleksi Šedo, DrSc. v letech 2007 –