Vědecké skupiny UBEO jsou součástí řady meziinstitucionálních a mezinárodních grantových projektů. Dlouhodobé spolupráce se uskutečňují v rámci definovaných programů a rozvojových projektů.
UBEO je spoluzakladatelem a podílí se na práci několika konsorcií:
Spolu s Neuroonkologickou a neurochirurgickou klinikou 1.LF a UVN tvoří Neuroonkologické centrum 1.LF UK
Součástí UBEO je Teranostická laboratoř, společné pracoviště 1.lF UK a Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR
UBEO je spoluzakladatelem celorepublikové působící Neuroonkologické sekce ČOS ČLS JEP
Centrum nádorové ekologie, zaměřené na výzkum nádorového mikroprostředí v rámci OP VVV CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000785
Národní ústav pro výzkum rakoviny programu Exceles, LX22NPO5102 v rámci Národního programu obnovy
EATRIS, konsorcium se zaměřením na inovativní laboratorní výzkum v translační medicíně, v rámci OP VVV CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001818
LBNB se ve spolupráci s týmy Universite Sorbonne, University of Warsaw a University of Milan podílela na několika projektech spolupráce PhD studentů a je spoluorganizátorem Mezinárodní letní školy v rámci programu EU Against Cancer (https://4euplus-againstcancer.icm.edu.pl/)
